הגידול במצעים מנותקים מצריך השקיה בעודף בכדי להימנע ממליחות יתר במצע. מיחזור מי הנקז הינו צורך אקולוגי סביבתי אך גם צורך כלכלי של המגדלים המאפשר חסכון במים ובעיקר בדשנים. מאידך, המיחזור מייצר אתגרים בממשק הגנת הצומח. על כן, מערכות מיחזור המים כוללות גם את מערכת איסוף מי הנקז והשבתם למערכת ההשקייה אך גם מערכות סינון ועיקור אשר מטרתן מניעת התפשטות מחלות קרקע, ממוקדים בודדים אל כלל השטח המושקה.